Anno 1995. Interno del Sud Africa, 200 Km a nord di Garzburg. Outer Heaven, una nazione fortezza colma di armi, creata da un leggendario mercenario. Egli era temuto tanto dai suoi nemici quanto dagli amici, perché era un eroe e un lunatico. Le nazioni "Occidentali" hanno scoperto che un' arma di distruzione di massa in grado di cambiare la guerra è in corso di sviluppo a Outer Heaven, e hanno ordinato alla forza speciale tecnologica FOX-HOUND di occuparsi del caso. In risposta a questo ordine Big Boss, comandante in capo della FOX-HOUND, ha inviato Gray Fox, l' uomo con il codice "FOX", quello assegnato al migliore della squadra. "Operazione Intruso N313"... Dopo alcuni giorni e dopo un messaggio che diceva "Metal Gear..." , Gray Fox è stato dato per disperso. Vista la gravità della situazione, i pezzi grossi dell' "occidente" chiamano ancora la FOX-HOUND. Big Boss ora sceglie Solid Snake, appena aggregato alla FOX-HOUND, come agente a cui affidare tutto quanto.
Dopo essere riuscito a infiltrarsi a Outer Heaven, Snake entra in contatto con dei membri della resistenza locale, Schneider, Diane e Jennifer. Grazie al loro aiuto, egli riesce a liberare Gray Fox, che mette al corrente il gruppo dei tremendi dati sul Metal Gear. Questo enigmatico nome è il codice di sviluppo di un robot semovente, armato con una testata nucleare di nuovo tipo. Esso era in grado di superare anche i terreni che avrebbero arrestato qualsiasi carro e poteva condurre una guerra da solo, con armi come i cannoni Vulcan e i missili anticarro. Era un tipo di arma del tutto nuova, in grado di lanciare un attacco nucleare contro qualunque luogo da un punto qualsiasi della superficie terrestre... Con il Metal Gear, Outer Heaven tentava di acquisire una supremazia militare sull' intero mondo. Per distruggere quel mostro, Snake liberò l' ingegnere capo del Metal Gear, il Dott. Pettrovich, e sua figlia Elen, che era stata presa come ostaggio per costringere il padre a sviluppare il robot. Snake apprende dal Dott. Petrovich come distruggere il Metal Gear. Mentre si avvicina alla base centrale di Outer Heaven, però delle tremende trappole lo attendono, come se tutte le sue azioni fossero già note al nemico... Nel mezzo della battaglia che si scatena, il capo della resistenza, Schneider, cade prigioniero del nemico e Snake stesso viene ferito, in uno scontro mortale che lo vede opposto ai migliori mercenari di Outer Heaven. Lo spirito indomabile di Snake, però, lo porta fino al centesimo piano della base segreta dove si trova il Metal Gear. Evitando i potenti sistemi di difesa progettati per eliminare tutti gli invasori, Snake riesce infine ad avere successo, distruggendo il Metal Gear. Egli prova quindi a fuggire da Outer Heaven, visto che ha completato la missione. Durante la fuga, però, viene affrontato da un uomo: il comandante capo della FOX-HOUND, Big Boss. Questi, ridendo, rivela allo sbigottito Snake il vero scopo della sua missione. Egli, mentre serviva come comandante della FOX-HOUND, dirigeva anche un' agenzia di mercenari, utilizzando i suoi vari contatti e i capitali accumulati nei suoi anni di lotte mercenarie. Big Boss stava pianificando la costruzione di una grande base militare per la sua organizzazione, Outer Heaven. Il suo scopo, nell' inviare Solid Snake a Outer Heaven, era quello di creare confusione nelle potenze "Occidentali". Purtroppo per lui, Big Boss aveva sbagliato i conti. Non aveva pensato che Snake poteva avere successo. Dopo aver perso il Metal Gear, Big Boss aveva attivato il sistema di auto-distruzione della base sotterranea. Mentre il conto alla rovescia per l' esplosione prosegue, l' urlo di Big Boss risuona forte. "Sei andato lontano. Troppo!" Al centesimo piano, la battaglia tra i due uomini ha inizio, senza nessuna ideologia e nessuna motivazione politica... La nazione-fortezza, Outer Heaven, crolla su se stessa. L' impenetrabile roccaforte della migliore tecnologia militare, custodita dai mercenari più preparati, è in preda alle fiamme. Dietro di lui le fiamme raggiungono il cielo, mentre Outer Heaven scompare, lasciando solo Solid Snake.
