1999, il mondo deve fronteggiare una crisi energetica. Era ovvio che le scorte di petrolio si sarebbero esaurite prima del previsto, mentre manca ancora molto allo sviluppo di una fonte energetica alternativa. Il prezzo del petrolio è andato alle stelle l' intera economia mondiale è in preda al panico. Il 21° secolo, per come si presenta, sarà un unico, grande caos. L' invenzione di un uomo, però, cambiò la storia. Un genio della Repubblica Ceca, il Dott. Kio Marv, inventò "OILIX", un micro-organismo in grado di raffinare il petrolio, portandolo a una forma altamente pura. La nuova scoperta donò al mondo una speranza, l' uscita dal tunnel della crisi energetica: nello stesso modo, però, generò un clima di grande tensione che circonda questo micro-organismo. Proprio quando le attese di tutti si concentravano sul Dott. Marv e sull' OILIX , lo scienziato venne rapito da qualcuno e scomparve nel nulla. Le nazioni iniziarono subito le indagini, e ben presto trovarono un nome... "Zanzibar Land." Si trattava di un regime militare, improvvisamente c comparso nell' Asia Centrale nell' anno 1997. Quando nacque il nuovo stato, l' esercito della CSI, guidata dalla Russia, inviò immediatamente delle forze per eliminarlo, ma Zanzibar Land resistette, assoldando una banda di mercenari da tutte le nazioni del pianeta e trasformandosi in una fortezza. Come il risultato, l' esercito della CSI venne battuto più volte e Zanzibar Land dichiarò la propria indipendenza , mentre la guerra, a causa del loro ruolo, venne chiamata, Guerra dei Mercenari. Da allora, Zanzibar Land è conosciuta come stato-fortezza.
Una nazione militare con un esercito di potenti mercenari, asserragliati in poderose fortificazioni .... Secondo le ultime informazioni Zanzibar Land dispone oramai di armi atomiche. Lo scenario è quindi completamente chiaro. Aggiungendo l' OILIX alle testate nucleari, Zanzibar Land stava cercando di guadagnare la superiorità economica e militare sul mondo intero. Preoccupati dalla situazione, gli Stati Uniti ordinarono a Roy Campbell, comandante in capo dell' unità speciale tecnologica FOX-HOUND, di salvare il Dott. Marv. Campbell era un veterano della FOX-HOUND: egli richiamo perciò Solid Snake, l' uomo che aveva distrutto da solo la nazione-fortezza di Outer Heaven, 4 anni prima, chiedendogli di riportare a casa il Dott. Marv e il suo OILIX. Dopo essersi infiltrato con successo a Zanzibar Land, anche grazie all' appoggio dell' agente Horry della CIA e di altri, egli riuscì a penetrare nella fortezza, dove trovò nuovamente il Dott. Pettrovich, capo ingegnere del Metal Gear a Outer Heaven. Anch' egli era stato rapito e obbligato a creare un altro Metal Gear. Egli rivelò al sorpreso Snake un altro particolare, ancora più sconvolgente: il Generale a capo di Zanzibar Land non era altro che Big Boss, colui che Snake aveva dovuto sconfiggere a Outer Heaven. Snake liberò il Dott. Pettrovich, collaborando con Natasha, la guardia del corpo del Dott. Marv ed ex agente del servizio segreto Ceco, quindi si diresse alla struttura di detenzione, nei più profondi recessi della fortezza, per salvare il Dott. Marv. Quando Pettrovich e Natasha attraversarono lo stretto ponte sospeso sopra una profonda vallata, questo fu distrutto da un missile. Natasha venne sbalzata nel vuoto dall' esplosione. Mentre non poteva fare niente per salvare Natasha, Snake cominciò a sentire una voce a lui molto nota. "Ehi Snake. Siamo amici io e te. Però non posso farti passare. Vattene da questo posto!" ... Gray Fox. Snake vide Gray Fox pilotare il Metal Gear. Il miglior soldato della FOX-HOUND che, dopo la caduta di Outer Heaven, era scomparso insieme a Big Boss. Dopo aver perso Natasha dinanzi ai suoi occhi e dopo aver visto portar via Pettrovich, Snake urlò. "Fox! Non mi arrenderò!" Dopo una serie di letali scontri con dei mercenari, Snake finalmente riuscì a raggiungere il blocco di celle dove era rinchiuso il Dott. Marv. Purtroppo arrivò troppo tardi, poté solo guardare il suo corpo e Pettrovich , che stava ritto accanto al cadavere. Pettrovich disse a Snake che il Dott. Marv non aveva resistito alle torture a causa dei suoi problemi di cuore. Allora Snake ricevette una chiamata di emergenza da Horry. L' informazione che gli diede fu sconvolgente: Pettrovich era andato di sua volontà a Zanzibar Land per sviluppare il Metal Gear, e persino il rapimento del Dott. Marv era stato da lui orchestrato. Una volta chiara la situazione, Pettrovich si gettò su Snake, che però ebbe facilmente la meglio su di lui e recuperò i piani del vitale OILIX. Mentre cercava di scappare, Snake si trovò di fronte il Metal Gear controllato da Gray Fox. Nella base sotterranea si scatenò una furiosa battaglia, alla fine della quale Snake riuscì a distruggere il Metal Gear. Gray Fox però non si arrese, e sfidò Snake allo scontro finale. Nel mezzo di un campo minato, Snake e Fox lottarono a mani nude, un duello senza sete di sangue e senza odio. Durante quel loro strano istante di purezza, i due erano legati di forze trascendenti, parole ed emozioni. Snake riuscì a vincere la sua lotta contro Gray Fox, ma ancora le difficoltà non erano finite. Snake doveva ora eliminare Big Boss! Proprio come 4 anni prima a Outer Heaven, Big Boss stava solo aspettando Snake. "Chi ha vissuto la tensione della battaglia non può più starne lontano. Io sono colui che ti dà un motivo per vivere, e questo motivo è la guerra." Snake era infuriato con il folle Big Boss "C'è solo una guerra che voglio vincere: quella per liberarmi di te, per sconfiggere l' incubo che sei... Big Boss, io ti ucciderò!" Con i progetti dell' OILIX, Snake e Horry fuggirono da Zanzibar Land a bordo di un elicottero di soccorso. Snake aveva salvato il mondo ancora una volta, ma sul suo volto non vi era il sorriso: le ultime parole di Big Boss continuavano a risuonargli nella mente.
"Chiunque vinca, la nostra lotta non finisce quì. Il perdente è libero dalla battaglia, ma il vincente no. Il sopravissuto dovrà vincere la sua vita di guerriero, fino al momento della sua morte." Poco tempo dopo, Snake si ritirò nelle gelide lande dell' Alaska, in solitudine...
